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파이썬을 활용한 생명정보학 
에이콘 데이터 과학 시리즈1 ㅣ 티아구 안타오, 김태윤 ㅣ 에이콘출판 ㅣ Bioinformatics with Python Cookbook, Second Edition
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36,000원
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  • 발행일
2019년 12월 30일
  • 페이지수/크기/무게
464page/187*235*36/1082g
  • ISBN
9791161753843/1161753842
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에이콘 데이터 과학 시리즈(총77건)
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  • 상세정보
  • 생명정보학 데이터를 파이썬 프로그래밍 기법과 프레임워크를 사용해 처리한다. 차세대 염기서열 분석, 유전체학, 메타지노믹스(metagenomics), 집단 유전학, 계통 발생학, 프로테오믹스(proteomics)의 내용을 다룬다. 다양한 파이썬 도구와 라이브러리로 데이터를 변환, 분석, 시각화하는 최신 프로그래밍 기법을 배운다. 차세대 염기서열 분석 데이터의 필터링(filtering) 기술과 병렬처리 프레임워크(framework)인 대스크(Dask)와 스파크(Spark)도 소개한다.
  • ★ 이 책에서 다루는 내용 ★ ■ 차세대 염기서열(NGS) 데이터 처리하기 ■ FASTQ, BAM, VCF 형식을 사용한 게놈 데이터 다루기 ■ 서열 데이터 비교 및 계통수 그리기 ■ 복잡한 단백체학(proteomics) 데이터 분석하기 ■ 파이썬으로 갤럭시(Galaxy) 서버 다루기 ■ 대스크(Dask) 및 스파크(Spark)로 병렬 처리 계산하기 ■ 사이토스케이프(Cytoscape)를 사용해 단백질 데이터의 상호작용 시각화하기 ■ 생물학적 데이터로 주성분 분석(PCA)과 기계 학습하기 ★ 이 책의 대상 독자 ★ 중고급 생명정보학 문제에 관심 있는 데이터 과학자와 생명정보학자, 파이썬 프로그래머를 위한 책이다. 이 책을 보려면 생명정보학과 파이썬 언어의 기초 지식이 필요할 것이다. 독자의 이해를 돕기 위해 모든 장의 시작 부분에 짧지만 기초적인 설명을 더했다. ★ 이 책의 구성 ★ 1장, ‘파이썬과 주변 소프트웨어 생태계’에서는 파이썬으로 최신 생명정보학 분석 환경을 구축하는 방법을 배운다. 또한 도커를 사용하는 방법과 주피터 노트북에서 R 언어를 사용하는 방법을 배운다. 2장, ‘차세대 염기서열 분석’에서는 FASTQ, BAM, VCF 파일 형식을 다루는 방법을 배우고 데이터 필터링을 설명한다. 3장, ‘게놈 데이터 다루기’에서는 다양한 품질의 게놈 데이터를 분석한다. 또한 GFF 처리를 소개하고 유전자 특성(feature) 정보를 분석하고 유전자 온톨로지(ontology)를 살펴본다. 4장, ‘집단유전학’에서는 게놈 데이터셋에 추가적으로 주성분 분석과 FST 를 계산하고 시각화하는 방법을 배운다. 5장, ‘집단유전학 시뮬레이션'에서는 simuPOP 라이브러리를 사용해 여러 가지 번식 전략을 사용하는 순방향 시뮬레이션하고 통계 분석을 해본다. 6장, ‘계통 발생학’에서는 재귀적 알고리즘을 사용해 에볼라 바이러스의 게놈 데이터로 실제 계통수를 그려본다. 7장, ‘단백질 데이터 뱅크 사용하기'에서는 Biopython 라이브러리로 PDB 파일을 처리하는 방법을 배우며, 간단한 단백질의 구조 분석과 시각화 방법을 살펴본다. 8장, ‘생명정보학 파이프라인’에서는 두 가지의 파이프라인을 소개한다. 첫 번째는 웹 기반의 갤럭시 프레임워크로 프로그래밍 지식이 없는 사용자를 대상으로 만들어졌다. 두 번째는 Airflow 프레임워크로 좀 더 범용적으로 사용되는 파이프라인이다. 9장, ‘파이썬으로 게놈 데이터셋 다루기’에서는 거대 데이터셋을 처리하는 고성능 프로그램 기법을 배운다. 병렬 처리 프레임워크인 대스크와 스파크를 간략하게 살펴보고 눔바와 사이썬으로 코드를 최적화하는 방법을 배운다. 10장, ‘생명정보학의 다른 주제들’에서는 GBIF 데이터를 분석하는 방법과 복잡한 네트워크를 시각화하는 도구인 사이토스케이프 사용법을 배운다. 11장, ‘고급 차세대 염기서열 분석’에서는 NGS 데이터를 필터링하는 고급 프로그래밍 기술을 배운다. 여기에는 표준 통계 분석과 기계 학습 기법이 포함된다.
  • 1장. 파이썬과 주변 생태계 __소개 __아나콘다를 사용한 필요 소프트웨어 설치 __도커를 사용한 필요 소프트웨어 설치 __rpy2를 통해 R과 인터페이스 만들기 __주피터 노트북에서 R 매직 명령어 사용하기 2장. 차세대 염기서열 분석 __소개 __NCBI와 진뱅크 데이터베이스 둘러보기 __염기서열 분석의 기초 __배우기 __FASTQ 파일 다루기 __정렬 데이터 다루기 __VCF 파일 데이터 분석하기 __게놈 접근성과 SNP 데이터 필터하기 __HTSeq로 NGS 데이터 처리하기 3장. 게놈 데이터 다루기 __소개 __좋은 품질의 참조 게놈 다루기 __낮은 품질의 참조 게놈 다루기 __게놈 주석 살펴보기 __게놈 주석으로 원하는 유전자 추출하기 __Ensembl REST API로 오소로그검색 __Ensembl REST API로 유전자 온톨로지 정보 검색 4장. 집단유전학 __소개 __PLINK 형식 데이터셋 관리하기 __Genepop 파일 형식 소개 __Bio.PopGen으로 데이터셋 탐색하기 __F - 통계 계산하기 __주성분 분석하기 __ADMIXTURE 프로그램으로 집단 구조 조사하기 5장. 집단유전학 시뮬레이션 __소개 __순방향 시뮬레이터 소개 __선택 시뮬레이션 __섬 모델과 디딤돌 ...
  • 티아구 안타오 [저]
  • 김태윤 [저]
  • 저자 김태윤은 제약회사 연구소에서 연구원으로 근무하고 있으며, 생물학 실험과 프로그래밍에 관심이 많은 자칭 바이오해커다. 다양한 과정에서 얻은 경험을 공유하는 블로그(https://partrita.github.io)를 운영하고 있다. 『파이썬을 활용한 생명정보학 2/e』(에이콘, 2019)을 번역했으며, 최근에는 신약 개발에서 빅데이터, 머신러닝 등과 같은 다양한 분석 기술을 응용하고자 노력하고 있다. 그리고 언젠가 사이언스 판타지 소설을 써보고 싶다는 꿈을 갖고 있다.
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